雨花石經歷了原生形成、次生搬運和沉積礫石層這三個複雜而漫長的階段。

一、原生形成：

1、這一階段大約需要歷經數億年。可以想象，火山爆發、地球岩漿活動頻繁，含有二氧化矽（SiO2)的岩漿從地殼噴出，四處流淌，在低溫條件下迅速冷卻，凝固並留下孔洞，一些其他流體沿孔洞滲進岩石內部，逐漸分離，冷卻，二氧化矽結晶成石英、玉髓、燧石和蛋白石等，形成雨花石的原巖。而其他溶液則沿著岩石的氣孔、空洞或裂隙的周壁向中心逐漸充填，形成同心層狀或平行層狀塊體。

2、雨花石的圈狀花紋就是二氧化矽膠液圍繞火山岩空隙、空腔，由內壁開始，從外向內，多層次逐層沉澱而成。並且由於熱水溶液所含微量元素（如鐵、銅、鈷、鉻等）的變化，從而形成具有五彩花環、晶瑩剔透的美石。

二、次生搬運和沉積礫石：

形成原石之後，岩石再經風化、剝蝕、破碎，並在流水的搬運、沖刷過程中，形成了外形圓滑、大小不一的卵礫石或砂石，大約距今2億年到300萬年時沉積在某處，只等有心人來發現它的美了。