汙染原因：

1）標本間交叉汙染：標本汙染主要有收集標本的容器被汙染，或標本放置時，由於密封不嚴溢於容器外，或容器外粘有標本而造成相互間交叉汙染；標本核酸模板在提取過程中，由於吸樣槍汙染導致標本間汙染；有些微生物標本尤其是病毒可隨氣溶膠或形成氣溶膠而擴散，導致彼此間的汙染。

2） PCR試劑的汙染：主要是由於在PCR試劑配製過程中，由於加樣槍、容器、雙蒸水及其它溶液被PCR核酸模板汙染。 3.）PCR擴增產物汙染：這是PCR反應中最主要最常見的汙染問題。因為PCR產物複製量大(一般為1013 複製/ml)，遠遠高於PCR 檢測數個複製的極限，所以極微量的PCR產物汙染，就可造成假陽就可形成假陽性。 4）容易忽視，最可能造成PCR產物汙染的形式是氣溶膠汙染；在空氣與液體面摩擦時就可形成氣溶膠，在操作時比較劇烈地搖動反應管，開蓋時、吸樣時及汙染進樣槍的反覆吸樣都可形成氣溶膠而汙染。據計算一個氣溶膠顆粒可含48000 複製，因而由其造成的汙染是一個值得特別重視的問題。