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雷暴是嚴重威脅飛行安全的危險天氣之一，對飛行有以下幾個影響：

強烈的顛簸。雷暴雲有很強的上升氣流和下降氣流，並且是一陣一陣的，分佈不均勻，亂流伴隨著風切變，可以引起飛機的強烈顛簸，如果遇到下衝氣流甚至會失去控制。

嚴重的積冰。雷暴雲中過冷水滴很多而且很大，飛機較冷的機體碰到這些過冷水滴就會凍結並積聚。飛機積冰後影響飛行效能可能會造成嚴重事故。

致命的冰雹。雷暴雲的冰雹比地面的冰雹要密集，一方面部分下降的冰雹被上升氣流重新拋向高空，另一方面落地的冰雹在下降的過程中逐漸融化了。同時由於在高空溫度低，冰雹都很大，高速飛行的飛機可能因此打壞風擋、發動機等要害。

強烈的電場。雷暴雲上部積聚了大量正電荷，下部積聚了大量負電荷，地面由於感應也會集中大量的正電荷，云云之間及雲地之間產生的強力閃點有可能擊中機體並造成損壞。更可怕的是大氣電場對電子裝置的影響，造成通訊、感知失靈，影響飛行判斷。