菌種分離、篩選是獲得優良菌種的第一步，而菌種培養是保持良種種性和應用良種產生效益的更重要一步。這裡介紹菌種培養科學管理“三關鍵”。（1）及時檢查各級菌種在擴繁後3天起至7天內，每天檢查一次。用工作燈照亮菌種瓶內表面，觀察接種塊和四周，有否出現非正常菌絲和黃、紅、黑、綠等斑點，寧嚴勿疏，一經發現異常，立即剔除，保證菌種純度。（2）控溫防潮根據銀耳生物學特性，創造適宜菌絲生長的溫度。要注意瓶內菌溫一般會比室溫高2～3℃。隨著菌絲生長量的增加，菌種培養室的溫度也逐步上升，飽和容量的培養室在適溫的基礎上，每5天需降溫1℃。在夏、冬逆境條件下，應採取降溫與升溫措施，如裝空調機，到高海拔山區制種，加強培育室屋頂遮蔭，室內風扇、排氣扇降溫等。但室內不可噴水，要求室內空氣相對溼度70%以下，偏溼的環境易雜菌孳生。越冬升溫可採取室內安裝暖氣管、暖氣片升溫，採用空調升溫更好，採用煤炭爐升溫的，應設排氣管道將煤煙排出室外。在梅雨季節溼度大，可在室記憶體放石灰粉吸潮，利用排風扇通風降溼。（3）適度光照銀耳菌種培養需要散射光，但防止Sunny直射。