液相色譜有正反之說，所以流動相和固定相也有類似的分類。1.先說流動相：a.反相流動相：有機相甲醇、有機相乙腈、水相緩衝鹽。緩衝鹽的範圍實在是太廣了，磷酸鹽緩衝液，醋酸鹽緩衝液等等b.正相流動相：乙醇、四氫呋喃、氯仿等等2.固定相a.反相：碳十八柱（C18）、碳八柱（C8）、苯基柱b.正相：氨基柱、氰基柱、二醇基等等。

液相色譜色譜對樣品分離效果，與樣品性質有很大關係。

對於一般中性樣品來說，如果用反相色譜分離，影響分離效果的主要因素有：流動相中有機相種類、有機相比例、柱型別，此外柱溫對分離也有一定的影響。如果是正相色譜，影響因素主要有：流動相選擇、流動相中調節劑（如異丙醇、乙醇等）的含量、柱型別，在正相柱中，柱溫對分離效果影響較大。

對於離子樣品來說，除了上述因素，流動相的pH值、緩衝液濃度等對分離效果也有至關重要的影響。

如果採用的是梯度洗脫，洗脫時梯度變化的速率、溶劑型別以及梯度的形狀都對分離有很大的影響。

另外：柱長對分離效果也有影響，柱長越長，分離效果越好。