摩托車的冷卻方式，風冷、油冷和水冷都有各個的優點和缺點，設計時選用哪種冷卻方式，要看具體情況而定。

風冷有自然風冷和強制風冷兩種，自然風冷就是利用行駛中迎面吹來的風給發動機冷卻散熱，廣泛用於中小排量跨騎式摩托車、彎梁車和少數大排量摩托車，強制風冷是用裝在發動機上的風扇，給發動機吹風冷卻，主要用於小排量踏板車。相對來說，風冷的效果最差，但風冷的發動機體積小、重量輕、結構簡單、造價低、維護保養方便，冷車預熱也比較快，對於使用不大的日常代步摩托車來說是比較合適的，是最經濟實惠的冷卻方式。

油冷的冷卻效果介於風冷和水冷之間，大部分的油冷是與風門配合使用的，發動機的氣缸上也有較大的散熱片，相對於風冷，它的冷卻效果更好些，結構也不算複雜，即使是在風冷機上也較容易改裝成油冷。雖然冷卻效果不如水冷，但造價低，維護保養簡單，結構不象水冷那麼複雜，但現在油冷發動機不是主流，相對少一些。

水冷的冷卻效果最好，可以長時間連續行駛，低速大負荷或高速都沒什麼事，缺點是結構複雜、重果和體積大、成本高、維護保養相對於風冷和油冷要麻煩些，費用也大些，主要用於大排量、高效能的摩托車，也有一些水冷發動機同時還裝有油冷，以增強冷卻效果。