總結一下，幾種可能原因：

1、“隱藏受保護的作業系統檔案”這個對號要去掉，不然的話，根目錄下像回收站、卷資訊等資料夾是不會顯示的，比如下面這個資料夾：

2、NTFS檔案系統中，有些檔案系統本身的資料，如MFT等，都是以檔案的方式儲存的，但這些檔案是使用者不可見的，這些檔案有十幾個，如果用心觀察，新格式化的NTFS分割槽也是有一些空間被佔用的，這些空間就是被檔案系統自身資料佔用的，這些資料會隨著檔案的增多而增加，如果在XP中，使用系統自帶的碎片整理程式可以看到“不可移動的資料”，就是這些東西。

3、Windows可以透過登錄檔或者增加配置檔案的方式隱藏或者修改資料夾的顯示特性，比如帶特殊圖示的資料夾等等，透過這些配置可以做到隱藏資料夾，具體的方法有很多種，不排除透過這種手段把資料夾隱藏的情況。

4、檔案系統受損，這種在FAT（含exFAT）分割槽上很常見，因為FAT分割槽的剩餘空間不是實時計算的，而是寫在0扇區的某個位置，到具體的檔案系統實現的時候，不同版本的Windows做法也有差異，總之，在檔案系統受損時，很容易顯示錯誤。基本上就這些吧。