截至2019年，國際病毒分類委員會將皰疹病毒科分為三個亞科共13個屬。

甲型皰疹病毒亞科傳染性喉氣管炎病毒屬 Iltovirus（感染鳥類）馬立克病毒屬 Mardivirus（感染鳥類）Scutavirus（感染龜與海龜）單純皰疹病毒屬 Simplexvirus水痘皰疹病毒屬 Varicellovirus乙型皰疹病毒亞科 Betaherpesvirinae鉅細胞病毒屬 Cytomegalovirus鼠鉅細胞病毒屬 Muromegalovirus長鼻動物病毒屬 Proboscivirus玫瑰皰疹病毒屬 Roseolovirus丙型皰疹病毒亞科 Gammaherpesvirinae淋巴潛隱病毒屬 Lymphocryptovirus瑪卡病毒屬 Macavirus馬皰疹病毒屬 Percavirus猴病毒屬 Rhadinoviru

其中對人類造成疾病的人類皰疹病毒（HHV）有9種，分別是：

單純皰疹病毒-1、單純皰疹病毒-2、Varicella zoster virus 、EBV病毒、鉅細胞病毒、玫瑰皰疹病毒、卡波西氏肉瘤皰疹病毒 。