根據預付款起扣點計算公式：T=P-M/N,可知P為承包合同總合同額 ，M為工程預付款數額， N為主要材料和構件所佔總價款的比重。13清單規範規定暫列金額包含在合同價款中，因此在計算預付款時不應扣除。

一般實行包工包料，需要有一定數量的備料週轉金，由建設單位在開工前撥給施工企業一定數額的預付備料款，構成施工企業為該承包工程儲備和準備主要材料、結構件所需的流動資金。

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付的工程款必須在合同中約定扣回方式，常用的扣回方式：

（1）在承包人完成累計金額達到合同總價一定比例（雙方合同約定）後，採用等比率或等額扣款的方式分期抵扣。也可針對工程實際情況具體處理，如有些工程工期較短、造價較低，就無需分期扣還；有些工期較長，如跨年度工程，其預付款的佔用時間很長，根據需要可以少扣或不扣。

（2）從未完施工工程尚需的主要材料及構件的價值相當於工程預付款數額時起扣，從每次中間結算工程價款中，按材料及構件比重抵扣工程預付款，至竣工之前全部扣清。