清軍入關之前八旗並無上下之分，清軍入關之後，鑲黃旗的地位高於正黃旗，因為當時的清太祖努爾哈赤自己保留了鑲黃旗，因此在這之後鑲黃旗就是皇室成員的代表，而正黃旗為皇室統治。

努爾哈赤作為後金的建立者，八旗制度的創立者，在八旗制度創立之初，努爾哈赤並未將其劃分明確是等級，只是規定了八旗中的鑲黃旗與正黃旗直接汗王統領，在那時鑲黃旗與正黃旗還沒有被劃分高低之分，但是很多人就會因為名字的原因認為正黃旗才是上三旗中等級最高的，但其實並不是這樣。在努爾哈赤晚年帶領清軍進入關內時，便將除鑲黃旗以外的正黃旗分派給了自己的部下，自此暫時確立鑲黃旗成為八旗中的最高等級。

在努爾哈赤死後，皇太極繼位並建立了大清王朝，成為了清朝的最高統治者，也正是在這之後皇太極收回了努爾哈赤曾經分派出去的正黃旗，但是那是人們的觀念中已經明確地認為鑲黃旗就是皇族的代表。在皇太極在位期間八旗還是沒有一個明確的排序，只是人們預設鑲黃旗是最高等級，直到順治將八旗重新做了一個排序，以鑲黃旗為首正黃旗在鑲黃旗之後，正式確立了八旗中鑲黃旗的最高地位，而這個排序也一直被後世沿用。

所以在清代鑲黃旗的地位比正黃旗要高，我們所知的鈕鈷祿氏、富察氏、輝發那拉氏、烏拉那拉氏等都是鑲黃旗姓氏。