水體中的汙染物種類很多，一般分為無機汙染物、致病微生物、植物營養素、耗氧汙染物和重金屬離子等五類。

無機汙染物

主要來自煉焦、電鍍、塑膠、化肥、硫酸和硝酸等工廠排出的廢水，如各種氫氰酸、氰化鉀、硫酸、硝酸等。水體中如果有過量的無機汙染物，會改變水的ph值，使微生物不能生長，還會消耗水中的溶解氧，危害淡水生物。

致病微生物

主要來自生物製品、製革業、飼養場和生活汙水，有各種病菌、病毒和寄生蟲等種類。常能引起各種傳染病。

植物營養素

主要來自食品、化肥、工業的廢水和生活汙水。有硝酸鹽、亞硝酸鹽、銨鹽和磷酸鹽等。這些營養素如果在水中大量積累，造成水的富營養化，使藻類大量繁殖，導致水質惡化。

耗氧汙染物

主要來自食品工業、造紙工業、化纖工業排放的廢水及生活汙水，如碳水化合物、蛋白質、油脂、木質素、纖維素等。當水中微生物分解這些有機物時，要消耗水中的溶解氧，使水中缺氧，併產生硫化氫、氨等氣體，使水質惡化。

重金屬離子

主要來自農藥、醫藥、儀表及各類有色金屬礦山的廢水，如汞、鎘、鉻、鉛、砷等各種重金屬離子毒物，它在水中比較穩定，是汙染水體的劇毒物質。