⑴ 能耗較低：因為厭氧生物處理不需要供氧，能源消耗約為好氧活性汙泥法的1/10，還能產生具有較高熱值的甲烷氣(CH4)。每去除1gCODcr可以產生0.35標準升甲烷或0.7標準升沼氣。沼氣的熱值為22.7KJ/L,甲烷的熱值為39300KJ/m3，一般天然氣的熱值為34300KJ/m3 。

⑵ 汙泥產量低：因為厭氧微生物的增殖速率比好氧微生物低得多，好氧生物處理系統每處理1kgCODcr產生的汙泥量為0.25～0.6kg，而厭氧生物處理系統每處理1kgCODcr產生的汙泥量只有0.02～0.18kg。

⑶可對好氧生物處理系統不能降解的一些大分子有機物進行徹底降解或部分降解。

⑷ 厭氧微生物對溫度、PH等環境因素的變化更為敏感，執行管理好厭氧生物處理系統的難度較大。

⑸ 水溫適應廣：好氧處理水溫在10～35℃之間，當高溫時就需採取降溫措施;而厭氧處理水溫適應廣泛，分低溫厭氧(10～30℃)、中溫厭氧(30～40℃)和高溫厭氧(50～60℃)。