1、屬科類品種不同：

橘子為芸香科植物福桔或朱桔等多種桔類的成熟果實。種類很多，有八布桔、金錢桔、甜桔、酸桔、宮川、新津桔、尾張桔、溫州桔、四川桔等品種。

而橙子，指芸香科、柑桔亞科、柑桔族、柑桔亞族以下的一群植物果實。品種有錦橙、臍橙、甜橙等。

皇帝柑是橙與橘的自然雜交種，集中了橙類外形美和柑橘肉質細嫩、易剝皮的雙重優點。

2、溫涼性不同：

橘子性溫，多吃易上火，會出現口舌生瘡、口乾舌燥、咽喉幹痛、大便秘結等症狀。

橙子味甘、酸，性涼，它是清火的水果。

皇帝柑性甘，酸，性涼，適量食用有和中開胃，生津止渴行氣，醒酒利尿之功效。

3、果皮不同：

橘子常為扁圓形，皮色橘紅或硃紅，果皮薄而寬鬆，容易剝開，摸起來也會軟一些；

而橙子常為圓形或長圓形，表皮光滑且較厚，包裹緊實，不容易剝開，而且較橘子而言，橙子一般比橘子大一些。

皇帝柑多為圓形，果色金黃、皮薄核少，較易剝離。