關於日本列島上被確認過的人類歷史，大約可追溯到3萬年乃至10萬年前。約1萬2千年前左右，因末次冰期結束而開始急劇溫暖化，使得人們的文化與生活產生極大變化，全島進入下個繩文時代。約1萬2千年前左右開始被稱為繩文時代。分為草創期、早期、前期、中期、後期、晩期這6期。這個時候的人們製作繩文式陶器、早期以後邁向定居化，大部分住在半地穴式房屋（豎穴式住居）。使用弓箭狩獵、貝冢漁撈、採集植物等經營生活，使用打製石器、磨製石器、骨角器等等。也進行栽培，後期到晩期間種植稻。在日本神話中，太陽神天照大神的後裔神武天皇於公元前660年建立日本國並即位為天皇。[4] 彌生時代志賀島金印公園的漢倭奴國王印伴隨著渡來人的移入，日本在彌生時代初期出現了陶器、鐵、銅器以及水田等文化，使日本逐漸成為一個農業社會。彌生時代中期，位於九州的奴國國王向漢朝朝貢，並獲賜金印。到了公元2世紀後半期，各小國內戰頻繁，直至3世紀中葉才出現較大的“大和國”，後經過長期的擴張，並且逐漸征服了日本中部大部分地方，其首領最初稱為“大王”，後來改稱天皇。