城市軌道交通AFC系統共分為車票、車站終端裝置、車站計算機系統、線路中央計算機系統、清分系統五個層次。

1、第一層———車票，乘客所持有的車費支付媒介；

2、第二層———車站終端裝置安裝在各車站的站廳，直接為乘客提供售檢票服務的裝置，規定了車站終端裝置及其運營管理的技術要求；

3、第三層———車站計算機系統，其主要功能是對第二層車站終端裝置進行狀態監控、以及收集本站產生的交易和審計資料，規定了系統的資料管理、運營管理及系統維護管理的技術要求；

4、第四層———線路中央計算機系統，其主要功能是收集本線路AFC系統產生的交易和審計資料，並將此資料傳送給城市軌道交通清分系統，以及與其進行對帳，規定了對該線路的車票票務管理、運營管理及系統維護的技術要求；

5、第五層———清分系統，其主要功能是統一城市軌道交通AFC系統內部的各種執行引數、收集城市軌道交通AFC系統產生的交易和審計資料並進行資料清分和對帳、同時負責連線城市軌道交通AFC系統和城市一卡通清分系統，規定了對車票管理、票務管理、運營管理和系統維護管理的技術要求。