審計報告是按照審計目的進行審計後，出具的審計結論性檔案，其作用是人被審計單位或個人依據審計報告精神去執行，這類報告應用廣泛，可以包羅永珍帶有強行性；審計彙算清繳報告是益審計的角度，給被審計單位或個人下發的彙算清繳檔案，是單一性質的審計文書。

主要區別：第一，報告名稱不同，一個叫審計報告，一個叫企業所得稅彙算清繳鑑證報告。第二、使用物件不同，前者可以廣泛用於包括稅務部門在內的政府機構部門、銀行貸款、新投資人、董事會、股東社會公眾等等，後者主要用於稅務機關或審計機關。第三、報告內容不同，前者可以但並不限於包括所得稅清繳事項，後者侷限於所得稅清繳事項，所以後者又可以稱為專項審計報告。第四、審計依據不同，前者主要依據審計準則和會計制度等標準，後者主要依據稅務法規檔案，不主要依從會計法規。二者差異可以舉例說明如下：企業所得稅彙算清繳鑑證報告對於有時候一些不符合稅法扣除標準的一些費用必須給踢出來，一些不能入賬的票據都要查出來。看看企業是不是正常的納稅，如果有些地方不正常、不對，就需要補交稅款。但是審計報告依據不同，未必會用相同標準剔除。