物理方法和化學方法。

物理方法中主要是溫度控制、溼度控制。微生物生長繁殖必須具備一定的溫度和溼度。一般說，低溫、乾燥不利於微生物生長，甚至能夠殺滅微生物。所以可以用低溫和乾燥控制微生物生長繁殖。酸度過高或過低、滲透壓過高或過低也能控制微生物生長繁殖。

化學方法中主要有營養物質控制和化學物質抑制兩種。微生物沒有必須的營養物質就無法生長繁殖。如控制碳源、氮源、微量元素或必須的維生素等，都可以抑制或控制微生物的生長繁殖。

某些化學物質能夠抑制微生物生長甚至殺滅微生物。如砷、鉛等有毒元素，氰化鉀、氰化鈉等有毒化合物，殺菌藥物等。其原理是破壞微生物中大分子物質的結構，使這些物質失去活性或正常的生理功能，抑制微生物生長或致微生物死亡。

此外，高能輻射（如紫外線、高能電子束、高能中子束、x－射線、伽瑪射線等）也能致微生物死亡。其原理是破壞微生物遺傳物質dna和rna，使微生物無法正常生長。

其實，微生物生長繁殖與大型生物是一樣的，能讓大型生物（比如人類）活不了的東西，微生物也活不了。