玉米苗期的主要病害是腐黴菌、串珠鐮刀菌引起的猝倒病、苗枯病和根腐病等。防治猝倒病，可用10%適樂時水劑或5%根寶50～100毫升拌玉米種子50千克；當發現幼苗萎蔫或凋萎病株時，可用72.2%的普力克水劑500～800倍液、58%雷多米爾錳鋅可溼性粉劑500倍液或72%克露可溼性粉劑600倍液噴霧。防治苗枯病，可用50%辛硫磷100克加水2～2.5千克拌50千克玉米，堆放4～6小時，稍晾乾拌入100克50%多菌靈播種；也可用10%蚜蝨淨加4.5%高效氯氰菊酯加70%甲基託布津800倍防治。防治病毒病，在發病初期用20%病毒剋星500倍液和綠葉寶400～500倍液混合噴霧有一定效果，同時用50%闢蚜霧可溼性粉劑2500倍液噴霧防治蚜蟲和灰飛蝨等傳毒害蟲。

此外，防治大斑病，用40%克瘟散或70%代森錳鋅可溼性粉劑600倍液噴霧。防治小斑病，用50%多菌靈可溼性粉劑500倍液或70%甲基託布津可溼性粉劑500倍液噴霧。在玉米4～5葉期葉面噴霧硫酸鋅，可防治缺鋅症，增強植株抗病能力。