科學家最初認為河馬與豬關係最密切，因為它們的臼齒上有相似的脊狀突起，但是基因分析顯示，半水生動物與鯨類的全水生家族關係更密切——鯨類包括海豚、鼠海豚和鯨魚。

大約6000萬年前，河馬和鯨魚有一個共同的祖先，最終分成兩支。一支變成河馬，另一支變成鯨魚和海豚。河馬非常接近第一個分裂出來的祖先，因為它們看起來大多像河馬，只是更瘦，頭更小。最終，河馬進化成了現代形式，並且它們仍然是它們的唯一倖存成員。

另一個分支，現代鯨目動物看起來一點也不像它們的遠古祖先，其中一些是食肉動物，看起來像遊動的獵豹，而另一些看起來像黃鼠狼/河馬雜交，還有一些看起來像毛茸茸的鱷魚。它們早期的祖先大多是四肢而不是鰭。直到4000萬年前，真正類似現代鯨魚的鯨魚祖先才出現。

犀牛是另一種動物，看起來像河馬或大象的親戚，但與馬的關係更密切。當你認為貘是馬和犀牛之間的一種聯絡時，進化就更容易讓人相信了。

雖然還沒有發現這三種生物的共同祖先的化石，但是觀察一下這些動物最近的祖先有助於建立這種聯絡。例如，馬現在只有一隻蹄子，但它們曾經有三個腳趾，就像犀牛一樣。科學家認為，這一共同祖先大約在5500萬年前出現在現在的亞洲，然後迅速傳播到各大洲。