侷限性如下；

1、在決策時人為判斷可能出現錯誤和因人為失誤而導致內部控制失效。

同樣地，控制的執行可能無效，例如，由於負責複核資訊的人員不瞭解複核的目的或沒有采取適當的措施，內部控制生成的資訊(如例外報告)沒有得到有效使用。

2、控制可能由於兩個或更多的人員串通或管理層不當地凌駕於內部控制之上而被規避。

例如，軟體中的編輯控制旨在識別和報告超過賒銷信用額度的交易，但這一控制可能被凌駕或不能得到執行。

3、人員素質不適應崗位

如果被審計單位內部行使控制職能的人員素質不適應崗位要求，也會影響內部控制功能的正常發揮。

4、成本效益考慮

被審計單位實施內部控制的成本效益問題也會影響其效能，當實施某項控制成本大於控制效果而發生損失時，就沒有必要設定該控制環節或控制措施。

5、不經常發生或未預計到的業務

內部控制一般都是針對經常而重複發生的業務設定的，如果出現不經常發生或未預計到的業務，原有控制就可能不適用。