內部控制存在固有侷限性，無論如何設計和執行，只能對財務報告的可靠性提供合理的保證。內部控制存在的固有侷限性包括：

1．在決策時人為判斷可能出現錯誤和由於人為失誤而導致內部控制失效。例如，被審計單位資訊科技工作人員沒有完全理解系統如何處理銷售交易，為使系統能夠處理新型產品的銷售，可能錯誤地對系統進行更改；或者對系統的更改是正確的，但是程式設計師沒能把此次更改轉化為正確的程式程式碼。

2．可能由於兩個或更多的人員進行串通或管理層凌駕於內部控制之上而被規避。例如，管理層可能與客戶簽訂背後協議，對標準的銷售合同作出變動，從而導致收入確認發生錯誤。再如，軟體中的編輯控制旨在發現和報告超過賒銷信用額度的交易，但這一控制可能被逾越或規避。

此外，如果被審計單位內部行使控制職能的人員素質不適應崗位要求，也會影響內部控制功能的正常發揮。被審計單位實施內部控制的成本效益問題也會影響其職能，當實施某項控制成本大於控制效果而發生損失時，就沒有必要設定控制環節或控制措施。內部控制一般都是針對經常而重複發生的業務而設定的，如果出現不經常發生或未預計到的業務，原有控制就可能不適用。