被歌德稱頌為“教育之自然福音”的《愛彌兒》則是盧梭教育思想的集中體現，他在書中闡發了自然教育的思想，開闢了教育人本化的道路盧梭的自然教育思想是其“人生而自由平等”的啟蒙思想在教育中的直接反應。自然教育思想的核心就是“歸於自然”。他認為教育必須遵循自然的要求，順應人的自然本性，強調“大自然希望兒童在成人以前就象兒童的樣子”，老師要把兒童當作兒童來教，“要按照你的學生的年齡去對待他”。同時，認為自然教育也必須是自由的教育，要求讓兒童享有充分自由活動的可能和條件，並在教學過程中力求適應兒童的身心發育水平和個別差異。他用愛彌兒這個虛構的教育物件，表達他教育、塑造“自然人”的理想，即完全自由成長、身心調和發達、自食其力、“不受傳統束縛、能夠適應社會生活的一代新人”。不受傳統的束縛、按本性發展，不依附於他人、能夠自食其力，具有獨立性、社會適應性、能夠承當社會責任，體腦發達、身心健康，這就是盧梭所憧憬的“自然人”的畫像。盧梭也十分重視體育和勞動教育，希望兒童能夠“像農民那樣勞動，像哲學家那樣思想”。盧梭的自然教育思想直接向嚴重摧殘人心智發展的古典主義教育的統治地位發起了挑戰，這是教育領域裡的啟蒙運動。