會計機構應遵循以下基本原則：

1、合規合法原則。內部財務會計控制應當符合國家有關法律法規和會計基礎工作規範，以及單位的實際情況。

2、全員性原則。內部財務會計控制應當約束醫院內部涉及會計工作的所有人員，任何個人都不得擁有超越內部會計控制的權力。醫院院長應當對該院的內部會計控制的建立健全及有效實施負責。

3、全面性與系統性結合原則。內部財務會計控制應當涵蓋醫院內部涉及會計工作的各項經濟業務及崗位。並應針對業務處理過程中關鍵控制點。落實到決策、執行、監督、反饋等各個環節。

4、權責明確、相互制衡原則。內部會計控制應當保證醫院內部涉及會計工作的機構、崗位的合理設定及其職責許可權的合理劃分，堅持不相容職務相互分離，確保不同機構和崗位之間權責分明、相互制約、相互監督。

5、成本效益原則。內部財務會計控制應當遵循成本效益原則，以合理的成本達到最佳的控制效果。

6、動態性原則。內部財務會計控制應隨著外環境的變化，醫院業務職能的調整和管理要求的提高，不斷修改和完善。