1．兩者的審計目標不同。內部審計主要是對內部控制的有效性、財務資訊的真實性和完整性以及經營活動的效率和效果所開展的一種評價活動；註冊會計師審計主要對被審計單位財務報表的真實性（或合法性）和公允性進行審計。

2．兩者獨立性不同。內部審計為組織內部服務，接受總經理或董事會的領導，獨立性較弱。註冊會計師審計為需要可靠資訊的第三方提供服務，不受被審計單位管理層的領導和制約，獨立性較強。

3．兩者接受審計的自願程度不同。內部審計是代表總經理或董事會實施的組織內部監督，是內部控制制度的重要組成部分，單位內部的組織必須接受內部審計人員的監督。註冊會計師審計是以獨立的第三方對被審計單位進行的審計，委託人可自由選擇會計師事務所。

4．兩者遵循的審計標準不同。內部審計人員遵循的是內部審計準則；而註冊會計師遵循的是註冊會計師審計準則。

5．兩者審計的時間不同。內部審計通常對單位內部組織採用定期或不定期審計，時間安排比較靈活；而註冊會計師審計通常是定期審計，每年對被審計單位的財務報表審計一次。