內部審計的獨立性主要指以下三方面的內容

第一，內部審計機構隸屬關係的獨立性。內部審計為保證其獨立性，內審機構的設定不能隸屬於或平行企業財務部門和其他職能部門，而應隸屬於企業最高領導人，這樣才會使最高領導能夠直接及時獲得內部審計部門所提供的情報和諮詢。

第二，內部審計人員的獨立性。內部審計必須有專職的審計人員，不能由其他業務部門，特別是會計部門人員兼任。只有這樣，才能在規定的許可權內，獨立行使職權，完成規定的任務。同時，內審人員在執行任務時，必須站在客觀公正的立場去分析問題，獨立觀察、判斷各種問題，並且要堅持原則，敢於鬥爭，忠於職守，以自己的工作態度和工作質量，取得單位和他人的信任，提高內部審計的權威性。

第三，內部審計業務的獨立性。內部審計機構和人員，不負責制定內審工作以外的計劃方案，不辦理經濟業務，不編制會計報表，不直接參與企業各部門的生產經營活動，而應以獨立的第三者的身份去檢查、監督、分析、評價企業的各項經濟工作。內部審計人員獨立性的關鍵是要獨立於被審計部門，其獨立性也要能得到被審計單位負責人的承認和支援。