一、分類不同

1、公益一類承擔的是基礎醫療衛生、教育、科研等公益服務職能，不宜或者不能由社會服務代替，也不能由市場配置資源。公益一類事業單位基本上全部是全額撥款的事業單位，唯一的例外就是鄉鎮衛生院。

2、公益二類是政府資助一部分提供保障，也可以透過市場進行資源配置，如公立醫院等。公益一類、二類具體由各地結合實際研究確定。

二、服務範圍不同

1、公益一類包括承擔義務教育、基礎性科研、公共文化、公共衛生及基層的基本醫療服務等基本公益服務，不能或不宜由市場配置資源的單位或機構。

2、公益二類包括應具備以下條件的一類事業單位：面向社會提供公益服務，按照政府確定的公益服務價格收取費用，其資源在一定區域或程度上可透過市場配置。如普通高等教育機構、非營利醫療機構等。

三、經營限制不同

1、公益一類的事業單位不得開展經營活動。對這類事業單位的機構編制要從嚴控制，並加強監督和管理，使其不斷提高服務質量和社會效益。

2、公益二類的事業單位根據國家確定的公益目標，自主開展相關業務活動，並依法取得服務收入，其服務價格執行政府定價或政府指導價。在完成規定任務的基礎上，可依法開展相關的經營活動。