區別如下：

磁碟清理是清除你磁碟上的長時間不用或是用不到的檔案包括安裝程式的備份等；可以每過二個月整理一次。不會影響磁碟的壽命。

碎片整理程式是將磁碟上的檔案透過整理弄到一塊（比如一個10M的檔案它可能在長時間的反覆使用的磁碟上分成幾份存放在不同的地方），它的作用就是讓這些碎片檔案粘到一起，而提高磁碟的速度。（一個檔案讀一個地方比讀很多個地方當然要快了。）可以每半年整理一次，如果太經常進行整理會損傷磁碟的壽命。

擴充套件資料

硬碟的保養方式：

1、讀寫忌斷電

硬碟的轉速大都是5400轉和7200轉，SCSI硬碟更在10000到15000轉，在進行讀寫時，整個碟片處於高速旋轉狀態中，如果忽然切斷電源，將使得磁頭與碟片猛烈磨擦，從而導致硬碟出現壞道甚至損壞，也經常會造成資料流丟失。

2、保持良好的環境

硬碟對環境的要求比較高，有時候嚴重集塵或是空氣溼度過大，都會造成電子元件短路或是介面氧化，從而引起硬碟效能的不穩定甚至損壞。

參考資料：