細菌、真菌和病毒的區別在於它們的結構：病毒：無完整細胞結構，含單一核酸（DNA或RNA）型；病毒寄生在活細胞中，掠奪別人的營養生存,危害大，如愛滋病毒,生存在人體免疫細胞,破壞人體自身保護。細菌：是屬於原核型細胞的一種單胞生物,形體微小,結構簡單，無成形細胞核、也無核仁和核膜，除核蛋白體外無其他細胞器；細菌廣泛分佈於土壤和水中，或者與其他生物共生。人體身上也帶有相當多的細菌。據估計，人體內及表皮上的細菌細胞總數約是人體細胞總數的十倍；細菌的營養方式有自營及異營，其中異營的腐生細菌是生態系中重要的分解者，使碳迴圈能順利進行。部分細菌會進行固氮作用，使氮元素得以轉換為生物能利用的形式。真菌：是具有真核和細胞壁的生物；真菌像細菌和微生物一樣都是分解者，就是一些分解死亡生物的有機物的生物。真菌將生物分解為各類無機物，使土地肥力增強。還有的真菌用於食物加工，例如酵母菌用於麵包等加工，釀酒也需要真菌。在農業、林業和畜牧業中，真菌又有有害的一面。真菌能引起植物多種病害，從而造成巨大的經濟損失。