兩者主要區別一是專業不同。交通運輸是以現代物流理論為基礎，其主幹學科為運籌學、管理學和交通運輸組織學。而交通工程是研究交通規律及其應用的科學技術，內容包括交通規劃、交通設施、交通運營組織等。二是學習課程不同。交通運輸側重於運輸技術環節，而交通工程偏重於宏觀上對交通進行規劃和管理。三是就業前景不同。交通運輸專業畢業生多在運輸單位工作，而交通工程畢業生多在設計、建設單位工作。

交通運輸專業培養能夠在交通運輸領域從事規劃設計、技術開發與運用、執行管理、運營組織和經營管理等工作，以及在教育、科研等部門從事相關工作的高素質專門人才。偏向於運輸規劃和組織管理、排程等。其必修課為運籌學，運輸經濟學等等，偏向規劃管理方向；

交通運輸工程

交通運輸工程是研究鐵路、公路、水路及航空運輸基礎設施的佈局及修建、載運工具運用工程、交通訊息工程及控制、交通運輸經營和管理的工程領域。偏向土木方向。主要專業課鐵路、道路工程、內河運輸工程，專業最好大學北京交通大學、同濟大學、東南大學、西南交通大學、長安大學。