一是硬度不一樣，水晶硬度為7，而一般玻璃硬度為3~5；

二是密度也不一樣，不過差別很小，不靠儀器是很難辨別出來的；

三是折光率不一樣。這一點常玩水晶的人會比較有感覺：從眼睛的直觀上看，真正的水晶比起玻璃來要亮得多。還有一點，就是水晶是壓電材料，過電後體積還會稍有變化，晶格內會有振動，所以手錶內的振盪器，就是水晶做的。 天然水晶和合成水晶在化學結構和物理性質上是完全一樣的(手錶內的振盪器是由人造水晶所制)，只是形成的過程不一樣。天然水晶顧名思義，是在地底經過千百萬年自然形成的結晶體，而合成水晶則一般是用hydrothermal熱水法制成，利用高溫高壓慢慢冷卻而得。 對於常玩水晶的人來說，比較注重水晶代表的意義。水晶本身是有能量的東西，不同的水晶有不同的靈性。天然水晶因其難得而價格比較貴一些，但是人們往往認為天然的水晶因其經過千百萬年才形成(比人類的歷史長得多)，會包含天地之靈氣，靈性要更強一些。至純的天然水晶幾乎沒有，即使有的話會非常昂貴。合成水晶可以造得非常純，但意義上就差一些了。 有一種含鉛玻璃是在玻璃中加入鉛的成分，可以大大提高玻璃的折光率，一些各種造型的擺件，水晶玻璃杯，水晶燈等等就是由含鉛玻璃製成的。