1、工作原理不同 非變性聚丙烯醯胺凝膠電泳或稱為活性電泳是在不加入SDS和巰基乙醇等變性劑的條件下，對保持活性的蛋白質進行聚丙烯醯胺凝膠電泳，常用於酶的鑑定、同工酶分析和提純。 變性聚丙烯醯胺凝膠電泳是根據寡核苷酸的大小來分離，因此可將全長產物與不完整的短分子分開。 2、功能不同 非變性聚丙烯醯胺凝膠電泳可以使生物大分子在電泳過程中保持其天然的形狀和電荷，它們的分離是依據其電泳遷移率的不同和凝膠的分子篩作用，因而可以得到較高的解析度。 變性聚丙烯醯胺凝膠電泳的蛋白質或多肽與SDS結合，經熱變性和二硫鍵的還原，形成所帶負電荷相對一致的非摺疊衍生物，其泳動速度主要由分子量決定。 3、特點不同 非變性聚丙烯醯胺凝膠電泳的過程中，蛋白質的遷移率不僅和蛋白質的等電點有關，還和蛋白質的分子量以及分子形狀有關，其中蛋白質的等電點是最重要的影響因子，要根據蛋白質的等電點來選擇對應的電泳緩衝系統。 變性聚丙烯醯胺凝膠電泳電泳時通常每一泳道至少加1mg合成的寡核苷酸，電泳後在紫外燈下定位寡核苷酸條帶，將長度正確的寡核苷酸從凝膠上切下。 來源：-變性聚丙烯醯胺凝膠電泳 來源：-非變性聚丙烯醯胺凝膠電泳