兩者的主要區別在於：培養要求不同、主要課程設定不同、學習要求不同。

1、培養要求不同：電子資訊科學類培養具備電子資訊科學與技術的基本理論和基本知識，受到嚴格的科學實驗訓練和科學研究初步訓練；電氣資訊類培養具有良好的科學素養，系統地、較好地掌握計算機科學與技術包括計算機硬體、軟體與應用的基本理論、基本知識和基本技能與方法。

2、主要課程設定不同：電子資訊科學類主要課程為離散數學、訊號與系統、通訊原理、軟體工程、編碼理論、資訊保安概論、資訊理論、資料結構、作業系統、微機原理與介面技術等；電氣資訊類主要課程為電路原理、類比電子技術、數字邏輯、數字分析、計算機原理、微型計算機技術、計算機系統結構、計算機網路、高階語言、組合語言、資料結構、作業系統等。

3、學習要求不同：電子資訊科學類從事科學研究、教學、科技開發、產品設計、生產技術管理工作的電子資訊科學與技術高階專門人才；電氣資訊類掌握計算機科學與技術的基本理論、基本知識；掌握計算機系統的分析和設計的基本方法；具有研究開發計算機軟、硬體的基本能力。