穆勒的自由，包括三個方面： 其一，人類內在意識領域的自由：它要求最廣義的良心自由，思想和情感的自由，對舉凡實踐、思想、科學、道德、宗教等所有事物的意見和態度的絕對自由。發表和出版意見的自由可能看起來應歸於不同的原則，因為它屬於個人行為關涉他人的那一部分；但是因為發表出版于思想幾乎同等重要，並且所依據的理由又大都相同，所以實際上是無法將他們分開的。 其二，品位和志趣的自由：自由地根據自己的特性規劃生活，做自己喜歡做的事並願意承擔一切可能的結果；只要我們的行為不傷及他人就不受人們干涉，即使在他人看來我們所行事愚蠢的、乖張的或錯誤的。 其三，個人自由可以推出在同樣限制內的個人聯合的自由：人們可以在不傷害他人的任何目的地下自由聯合，但參加聯合的人必須是成年人，並且不受強迫和欺騙。 穆勒非常看重這三點自由，他說“大體說來，如果一個社會不尊重這些自由，無論其政體形式是什麼，都不能算是自由；又如果這些自由不能絕對無條件的存在，社會也不鞥算是完全自由的。” 穆勒概括說，唯一名副其實的自由，是以我們自己的方式追求我們自身之善的自由，只要我們沒有企圖剝奪別人的這種自由，也不去防止他們追求自由的努力。在無論身體、思想還是精神的健康上，每個人都是他自己最好的監護人。