明朝並沒有“丟掉”奴兒干都司，因為奴兒干都司本身並不是一個常設機構，而是一個被派遣到黑龍江流域的招撫機構，每次發揮作用時被派往黑龍江下游，負責招攬當地土著首領接受明朝冊封、嚮明朝進貢。但明朝在東北建立的羈縻衛所並不需要透過奴兒干都司才能和明朝發生了聯絡。宣德年間，奴兒干都司人員最後一次前往黑龍江下游的駐地。此後東北的衛所仍然可以直接嚮明廷朝貢。

（郭沫若主編《中國史稿地圖集·明代中期形勢》晚明時期的東北邊境。）

明朝對遼東以外的東北羈縻衛所的控制方式變化發生於16世紀上半葉。南遷的海西女真中產生了葉赫部、烏拉部這樣的強大勢力，他們在靠近明朝開原邊外的要道築城，以武力打擊女真各部、阻止他們直接嚮明朝朝貢，而必須把利益分給自己。這樣明廷就失去了直接用朝貢貿易資格來控制女真各部的辦法，改為用羈縻女真強大首領的方式間接地羈縻。努爾哈赤就是明朝選中的最後一任女真首領，但他逐漸兼併哈達、烏拉、輝發等部，明金戰爭中後1619年又滅亡葉赫部，至此明廷喪失了對東北羈縻衛所的所有控制。