ORF 是開放閱讀框,從起始密碼子開始,到終止密碼子結束,前面是5‘UTR,後面是3’UTR,ORF一般是針對mRNA來說的。
mRNA由基因序列轉錄得來,一個基因可能有幾條不同的轉錄本,因而對應的ORF也可能不同。
預測結果應該是2條不同的ORF,在基因的不同位置,不知道是不是剪接造成的。
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遇到這樣一個現象,不知道大家有沒有碰到:
就拿L23513這個序列來說,Genbank裡提示結構基因(即ORF2)是從4328到6691(而且很多文獻也支援這個),然而,用NCBI的ORF Finder軟體顯示ORF2應該是從4148到6691(多了180bp),而沒有4328~6691這個ORF,那麼遇到這種矛盾的結果,應該相信誰呢?
大家有沒有遇到這種情況啊?而且我透過比對同基因型的時候,發現有的基因,Genbank和ORF finder都同樣多算了這180bp。
ORF 是開放閱讀框,從起始密碼子開始,到終止密碼子結束,前面是5‘UTR,後面是3’UTR,ORF一般是針對mRNA來說的。
mRNA由基因序列轉錄得來,一個基因可能有幾條不同的轉錄本,因而對應的ORF也可能不同。
預測結果應該是2條不同的ORF,在基因的不同位置,不知道是不是剪接造成的。
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遇到這樣一個現象,不知道大家有沒有碰到:
就拿L23513這個序列來說,Genbank裡提示結構基因(即ORF2)是從4328到6691(而且很多文獻也支援這個),然而,用NCBI的ORF Finder軟體顯示ORF2應該是從4148到6691(多了180bp),而沒有4328~6691這個ORF,那麼遇到這種矛盾的結果,應該相信誰呢?
大家有沒有遇到這種情況啊?而且我透過比對同基因型的時候,發現有的基因,Genbank和ORF finder都同樣多算了這180bp。