一五七六年，李贄五十多歲了。回顧自已所走過的道路，他坦率地作了自我解剖。他說，以前他自己也盲目的“尊孔八，就象矮子看戲，跟著別人喝采，簡直是“前犬吠形，亦隨而吠之”，自已“五十以前真一犬也"。李贄戰作這樣的自我解剖是很可貴的，表明了他對儒家思想的深悪痛絕。不久李贄辭官，先後來到黃安、麻城開辦學堂，著書立說，對孔孟之道和反動理學進行了大膽、尖銳、潑辣的批判，樹起了尊法反儒的旗幟。

一五九0年《焚書》出版了。這是一部向孔孟之道及其變種程朱理學開火的宣戰書。李贄向儒家經典宣戰，認為《論語》《孟子》等儒家經典只不過是孔孟的“迂闊門徒、懵懂弟子”記錄下來的有頭無尾川的東西，根本不是什麼“萬世之至論”！

《藏書》是按照尊法反儒的觀點整理、評論的歷史著作，千古歷史的顛倒，對秦始皇的評價是一個重要內容。在儒家對秦始皇一片漫罵聲中，李贄挺身而出，盛讚秦始皇是“千古一帝”？他讚揚秦始皇以“天崩地坼”的英雄氣概，“掀翻一個世界”，掙得一個天下”完成了千古偉業。他實行“焚書坑儒”是大勢所趨，根本埋怨不得。

李贄透過辦學、著書立說《焚書》、《藏書》、《四書評》、《史綱評要》批判了孔子的儒家思想。