模體，也叫模序，表示蛋白質中具有特定空間構象和特定功能的結構成分。蛋白質中的模體也可僅由幾個氨基酸殘基組成，例如纖連蛋白中能與其受體結合的肽段，只是RGD三肽。一個模序總有其特異的氨基酸序列，發揮特殊的功能，例如“鋅指結構”（zinc finger），此模體由一個α-螺旋和兩個反平行的β-摺疊三個肽段組成，形似手指，具有結合鋅離子的功能。模體的特徵性空間結構使其特殊功能的結構基礎。擴充套件資料分為序列模體（sequence motif）與結構模體（structural motif），結構模體指蛋白質中相鄰的二級結構單位組合在一起，形成有規則的在空間上能辨認的二級結構組合體。結構模體在結構層次上高於二級結構，相當於超二級結構。1、至少2層二級結構，以疏水R側鏈透過疏水相互作用穩定（內側），親水R側鏈在外表面；2、β-鏈傾向於右手扭曲（見β-摺疊，如β-桶）；3、β鏈不能與相鄰α-螺旋形成穩定氫鍵連線4、常見αα、βαβ、βββ、β曲折等。注意：所有的超二級結構都是motif，但不是所有的motif都是超二級結構。（如short lineal motif）