（1） 微生物繁殖快，一般細菌在適宜條件下每 20 分鐘能繁殖一代；

（2） 易於變異，有利於微生物良種選育；

（3） 易於培養，微生物大多數的種類，都能用人工的方法進行培養生產，易於工廠化和商業化生產；

（4） 發酵過程中所有的中間步驟都在細胞中進行，不象化學工業生產需要經過幾箇中間產物的步驟。有很多用化學方法不能生產的 複雜化合物，用微生物工程方法來合成很容易；

（5） 生產安全，能源消耗低，生產條件為常溫常壓，不象化學法生產那樣需要高溫高壓條件；

（6） 原料便宜、易於選材，發酵工業需要的主要原料都是農產品、副產品、工業廢棄物，最大的特點是再生性強，而化學生產多采 用石油、煤、天然氣等不可再生的原料；

（7） 投資少、成本低，同一種裝置具有多種用途，可生產多種發酵產品；

（8） 有利於環保，一般發酵工程生產時，除特殊產品外，有害物質少，安全性強；

（9） 缺點是發酵產物的濃度低，精製工藝較複雜。