目前海洋藍洞的成因有兩種型別，即石灰岩溶洞成因與珊瑚礁生長結構成因。 所謂石灰岩溶洞，即冰川時期因海平面降低，石灰岩受到溶蝕作用，在下部發育成為大型的空洞（類似溶洞），當溶蝕空洞越來越大，就造成了頂部塌陷而形成一個邊緣陡峭的大洞，稱為落水洞。當冰川期結束之後，海平面上升，海水重新灌入這個落水洞，便成了大家看到的“藍洞”。這一型別的藍洞存在大量石筍、石鐘乳等，裂隙發育，往往形成若干個與外海水相連的通道，洞內水體與外海水存在一定交換，洞底還可能有石灰岩壁或洞頂發生侵蝕坍塌掉落的大量產物。著名的貝里斯大藍洞就屬於這種型別。 珊瑚礁生長結構型是20世紀90年代後期提出的，其中最典型的為澳洲西南外陸架的豪特曼-阿布羅爾霍斯珊瑚礁藍洞。自距今1萬年的全新世以來，該海域的珊瑚礁生長迅速，許多快速生長的較小尖礁形成棘狀突起並聚集在一起，最後形成近似圓形的洞。洞的內部水環境對珊瑚的生長有顯著影響，而外部的水環境則有利於珊瑚生長，逐漸發育成水深較大的藍洞。這類藍洞內沒有觀察到石筍、石鐘乳等產物，洞內沒有和外海水發生交換的通道，底部存在珊瑚砂。
目前海洋藍洞的成因有兩種型別，即石灰岩溶洞成因與珊瑚礁生長結構成因。 所謂石灰岩溶洞，即冰川時期因海平面降低，石灰岩受到溶蝕作用，在下部發育成為大型的空洞（類似溶洞），當溶蝕空洞越來越大，就造成了頂部塌陷而形成一個邊緣陡峭的大洞，稱為落水洞。當冰川期結束之後，海平面上升，海水重新灌入這個落水洞，便成了大家看到的“藍洞”。這一型別的藍洞存在大量石筍、石鐘乳等，裂隙發育，往往形成若干個與外海水相連的通道，洞內水體與外海水存在一定交換，洞底還可能有石灰岩壁或洞頂發生侵蝕坍塌掉落的大量產物。著名的貝里斯大藍洞就屬於這種型別。 珊瑚礁生長結構型是20世紀90年代後期提出的，其中最典型的為澳洲西南外陸架的豪特曼-阿布羅爾霍斯珊瑚礁藍洞。自距今1萬年的全新世以來，該海域的珊瑚礁生長迅速，許多快速生長的較小尖礁形成棘狀突起並聚集在一起，最後形成近似圓形的洞。洞的內部水環境對珊瑚的生長有顯著影響，而外部的水環境則有利於珊瑚生長，逐漸發育成水深較大的藍洞。這類藍洞內沒有觀察到石筍、石鐘乳等產物，洞內沒有和外海水發生交換的通道，底部存在珊瑚砂。