1、原理不同

指令：控制器按指令指令指令機器。人們用指令表達他們的意圖，並把它們交給控制者執行。計算機可以執行的一整套不同的指令稱為計算機的指令系統。每臺計算機都有自己的專用指令系統，其指令內容和格式也各不相同。

程式：計算機需要載入程式碼，也需要載入資料。在計算機的底層，透過高階語言例如Java，C/C++，C#等）將其翻譯成機器語言，並由CPU載入。

2、所含內容不同

指令：包括兩個方面：操作碼和運算元，它們決定了要完成的操作。

（1）操作員是指執行操作的裝置的資料和地址。

（2）在計算機中，操作要求和運算元地址用二進位制數字表示，分別稱為操作碼和地址碼。整個指令以二進位制編碼的形式儲存在記憶體中。

程式：以某些程式設計語言編寫，運行於某種目標結構體系上。打個比方，程式就如同以英語（程式設計語言）寫作的文章，要讓一個懂得英語的人（編譯器）同時也會閱讀這篇文章的人（結構體系）來閱讀、理解、標記這篇文章。