公元250年左右瑪雅人開始興起，至公元900年左右的這段時期，考古學家稱之為瑪雅文化的古典時期。瑪雅文明在極盛時期包括40多個城市，每一城市都有5,000～50,000人的人口。主要的城市有蒂卡爾(Tikal)、瓦哈克通(Uaxactun)、科潘(Copan)、波拿帕克(Bonampak)、雙柱城(Dos Pilas)、卡拉克穆爾(Calakmul)、帕倫克(Palenque)及里奧貝克(Rio Bec)等。瑪雅人口最多時曾達1500萬人，其中大多數居住在今瓜地馬拉的低地區。不過，公元900年以後，古典時期的馬雅文明卻急遽衰落，許多大城市和祭祀中心人煙絕跡而任叢林植被蔓生。這次衰退的原因至今未明；有些學者認為主因是武裝衝突和農地耗竭。不過，在21世紀發現的事物讓學者假定瑪雅文明突然衰落的原因可能是與戰爭有關，戰爭打斷了內河和陸地貿易路線。後古典時期，尤卡坦半島高地區內的奇琴伊察(Chichen Itza)、烏斯馬爾(Uxmal)和瑪雅潘(Mayapan)等城市，在低地區大城人口減少之後，仍然持續繁榮了好幾世紀。到16世紀初西班牙人征服此一地區之時，多數的瑪雅人都只是定居於村莊的農人，他們遵行祖先流傳下來的宗教儀典。