明末農民起義失敗的教訓同所有失敗的農民起義一樣，沒有遠大的戰略眼光（如陳勝吳廣起義、綠林起義、赤眉起義、黃巾農民起義、隋末農民起義、黃巢起義、太平天國運動），進入北京後，內部發生很大變化。

這次農民戰爭所以最終失敗，主要有下列四個原因：

第一，由於清軍入關，滿、漢地主階級逐漸結合起來，整個國內形勢起了不利於農民軍的變化。

第二，農民軍特別是張獻忠的農民軍流寇主義作風嚴重，不重視根據地和政權建設。

第三，農民軍李自成部的主要將領犯了勝利時驕傲的錯誤，進北京後，無組織，無紀律，生活腐敗。許多將領犯了嚴重錯誤，有的將領被勝利衝昏頭腦，產生驕傲自滿、麻痺輕敵的思想，忽視了地主階級猖狂反撲的危險。

還滋長了腐化思想，政治上處理不當，軍隊紀律鬆弛，戰鬥力下降，不能抵制金錢酒色的侵蝕，逐漸消失原來的革命意志。只反貪官、不反皇帝也是農民戰爭的常見的歷史現象，農民軍領袖李自成也曾自稱為建文帝的後裔。

第四，李自成、張獻忠死後，農民軍內部不能團結，爭權奪利，大大削弱了自己的力量。