在PPP專案中，常見的付費機制主要包括三類：

一是政府付費(Government Payment)，是指政府直接付費購買公共產品和服務。在政府付費機制下，政府可以依據專案設施的可用性、產品或服務的使用量以及質量向專案公司付費。政府付費是公用設施類和公共服務類專案中較為常用的付費機制，在一些公共交通專案中也會採用這種機制。

二是使用者付費(User Charges)，是指由最終消費使用者直接付費購買公共產品和服務。專案公司直接從終端使用者處收取費用，以回收專案的建設和運營成本並獲得合理收益。高速公路、橋樑、地鐵等公共交通專案以及供水、供熱等公用設施專案通常可以採用使用者付費機制。三是可行性缺口補助(Viability Gap Funding，簡稱VGF)，是指使用者付費不足以滿足專案公司成本回收和合理回報時，由政府給予專案公司一定的經濟補助，以彌補使用者付費之外的缺口部分。可行性缺口補助是在政府付費機制與使用者付費機制之外的一種折衷選擇。在中國實踐中，可行性缺口補助的形式多種多樣，包括土地劃撥、投資入股、投資補助、優惠貸款、貸款貼息、放棄分紅權、授予專案相關開發收益權等其中的一種或多種。