元朝政治制度與金朝一樣承襲宋朝制度，採取文武分權的制度，以中書省總理政務，樞密院掌管兵權。然而元朝的中書省已成為中央最高行政機關，元朝不設定門下省，尚書省時設時不設，僅元世祖時期與元武宗時期有設定，所以門下省與尚書省的權力皆交給中書省。

中書省統領六部，主持全國政務，形成明清內閣制的先驅。其組織架構繼承南宋體制，宰相的稱呼共有中書令、司統率百官與總理政務等，常以皇太子兼任。下分左右丞相，中書令缺則總領中書事務。平章政事又居次，凡軍國重事，無不參決。副相方面有左右丞、參政等。六部共有吏部、戶部、禮部、兵部、刑部與工部，內有尚書、侍郎。尚書省主要負責財政事務，不過時置時廢。

樞密院執掌軍事，御史臺負責督察，與宋朝制度大致相同，然而在地方設有行中書省、行樞密院與行御史臺。此外又有掌管學校的集賢院、掌管御膳的宣徽院、掌管驛傳的通政院，其他還有太常禮儀院、太史院、太醫院與將作院，略前代的九寺諸監。最後新成立的是宣政院（初名總制院），負責佛教及吐蕃（今西藏）地區軍政事務，這是前代所沒有的。