有些細菌（多為桿菌）在一定條件下，細胞質高度濃縮脫水所形成的一種抗逆性很強的球形或橢圓形的休眠體。1個細菌細胞只形成1個芽孢，有的在細胞一端，有的在細胞中部。由於芽孢是在細胞內形成的，所以也常稱之為內生孢子。芽孢可度過不良環境，對乾旱和高、低溫都有極強的抵抗力。條件轉好時，1個芽孢可形成1個細菌細胞。有些細菌的芽孢，在乾燥條件下，可保持10多年或更長的時間仍能萌發，有的能忍耐-253℃的低溫，有的在沸水中煮30小時後仍有生活力，但也有的芽孢在80～90℃下幾分鐘即死亡。因此，外科手術或注射器的消毒，一定要用高壓滅菌。能形成芽孢的細菌為桿菌科中的梭狀芽孢桿菌屬和芽孢桿菌屬的所有種類。此外，還有少數螺旋菌、孤菌和八疊球菌等屬的種類。研究芽孢的形成和萌發，具有重要的理論和實踐意義。因為有些能形成芽孢的細菌是人體的病原菌。在食品、醫藥，以及發酵工業都要徹底消滅細菌的芽孢。有些芽孢菌可用來殺滅害蟲，如蘇雲金桿菌、青蟲菌、殺螟桿菌等在形成芽孢時，還產生蛋白質伴胞晶體，對鱗翅目昆蟲有強大的毒殺作用。因而將這些芽孢桿菌製成殺蟲劑，實行以菌治蟲，並稱之為細菌農藥。