在很久很久以地殼構造活動使印度洋和太平洋交界處出現了淺水棲息地。在這些淺水區，海草非常的興旺，而且很快的在周圍的環境中繁衍開來，最終形成現在的這種生態環境。因此被認為海馬的祖先就是在這裡進化。

案生物學家研究了現代與海馬相接近的魚類為矮菸斗海馬。海馬和矮菸斗海馬大約是在2500萬年前開始分別進化。在那時，地殼構造活動使印度洋和太平洋交界處出現了淺水棲息地。在這些淺水區，海草非常的興旺，而且很快的在周圍的環境中繁衍開來，最終形成現在的這種生態環境。因此被認為海馬的祖先就是在這裡進化。

生物學家研究了現代與海馬相接近的魚類為矮菸斗海馬。海馬和矮菸斗海馬大約是在2500萬年前開始分別進化。在那時，地殼構造活動使印度洋和太平洋交界處出現了淺水棲息地。在這些淺水區，海草非常的興旺，而且很快的在周圍的環境中繁衍開來，最終形成現在的這種生態環境。因此被認為海馬的祖先就是在這裡進化。橫向游泳的魚生活在長滿海草的海床上不能很好地和周圍的環境相融合，很容易被它們的天敵所捕食。而進化中的海馬祖先找到一種解決辦法：垂直形態游泳，這使得海馬完美地融入周圍長滿海草的生態環境。