光學顯微鏡與電子顯微鏡是兩種不同的顯微鏡，二者在定義上，分類上，組成結構上有區別。

1、定義不同

光學顯微鏡（英文Optical Microscope，簡寫OM）是利用光學原理，把人眼所不能分辨的微小物體放大成像，以供人們提取微細結構資訊的光學儀器。

電子顯微鏡技術的應用是建立在光學顯微鏡的基礎之上的，光學顯微鏡的解析度為0.2μm，透射電子顯微鏡的解析度為0.2nm，也就是說透射電子顯微鏡在光學顯微鏡的基礎上放大了1000倍。

2、分類不同

光學顯微鏡有多種分類方法，按使用目鏡的數目可分為三目，雙目和單目顯微鏡；按影象是否有立體感可分為立體視覺和非立體視覺顯微鏡；按觀察對像可分為生物和金相顯微鏡等；按光學原理可分為偏光，相襯和微分干涉對比顯微鏡等。

電子顯微鏡按結構和用途可分為透射式電子顯微鏡、掃描式電子顯微鏡、反射式電子顯微鏡和發射式電子顯微鏡等。

3、組成結構不同

顯微鏡的光學系統主要包括物鏡、目鏡、反光鏡和聚光器四個部件。廣義的說也包括照明光源、濾光器、蓋玻片和載玻片等。

電子顯微鏡由鏡筒、真空裝置和電源櫃三