瑪尼丸以舍利等五聖物、黃金等五寶石、青稞等五種子、牛油等五甘露、苦參等五藥草及藏紅花等五香，混以炒過的青稞粉（在印度現代以山楂、苦楝及柯子粉代替）及牛乳，製成丸狀。

製造瑪尼丸是格魯派的傳統，並有從未中斷之傳承。格魯派許多寺院各有其製造瑪尼丸的傳統。此外，每年在印度的dlsl，宗座法王均會籌辦瑪尼丸的製造法會。製造瑪尼丸的人，必須是修行好的上師與僧人，並要每天持大乘八關齋戒，俗家眾不可參與制造過程。

瑪尼丸造成小丸形狀後，被放入白棉布袋中滾動二至四天之久，令它們變得結實、乾燥及光滑。這些小丸會被放入乾淨的瓷或銀瓶中，頂部留五分之一空間，然後整個瓶被密封后放在殿中方丈桌前。寺僧輪班二十四小時不斷持觀音大明咒七天（總集咒數不可少於一億遍），於此期間各人不可碰觸瓶身，否則瑪尼丸的力量會消失。加持期間，若修持及加持如法，瓶身會有熱力及蒸汽散發出來。

一週後，若一切如法，在密封瓶中的小丸會增多了，甚至多至掉在瓶外。加持了的瑪尼丸有兩種：大顆的是母丸，由母丸長出來的小丸是子丸。我們通常送人的是子丸。