發酵床分地上式和地下式兩種。地下式發酵床要先挖坑，深90釐米，坑挖好後將有機墊料放入；地上式要鋪成高100釐米左右。鋪墊發酵床的順序是：先將鋸末、土、微生物原種一層層鋪好，噴上鹽水和營養液，當填料至50%時，開始調節水分，使之達到60%～65%。豬圈墊料填滿後，放豬飼養。2～3個月後，發酵床底層成為自然繁殖狀態，中部形成白色的菌體，其溫度達到40～50℃，豬糞發酵後成為豬的飼料。構建微生物發酵床豬舍時，需要考慮六個因素：（2）發酵床床面要保持一定的溼度，使之經常保持在60%左右，如水分過多應開啟通風門排溼；如過於乾燥，可透過定期噴灑活性劑進行調節。（3）生豬入圈前要先驅蟲，防止將寄生蟲帶入發酵床，使豬重複感染髮病。（4）要密切注意土壤微生物菌的活性，及時補充微生物原種和營養液；每批豬出欄時，菌床一般要降低10釐米左右，應及時補充填料。（5）飼料投餵，不可過量，每次投餵量應控制在正常量的80%，以利於豬拱翻地面。糞尿成堆時，可挖坑掩埋。（6）豬舍內禁止使用化學藥品，防止傷害土壤微生物，影響微生物活性。優良的發酵菌床可以連續使用5年左右，不用清理，豬糞只需每天翻埋一次。