首先分析一下兩個學科，環境工程是一個綜合的學科，涉及的內容比較多，以化學，生物為基礎的一個學科，研究的物件主要是汙染物質如水氣固，透過物理，化學，生物的手段去處理這些汙染物質，從基礎研究到實際工程研究都有，目前在人們對環境汙染重視的今天環境工程專業應該起著重要的作用！應用物理，更加偏向於一些物理材料，物理原理研究，基礎研究偏多一些！

其次，關於專業的選取，個人還是偏向於興趣多於行業發展，雖然兩個專業都有各自的應用前景，畢業後都會有一定的用武之地，這就看你的興趣在哪裡，如果更偏向於應用物理，還是建議你選擇應用物理，興趣是最好的老師，這樣在學習專業課的時候你也會更加努力，俗話說強扭的瓜不甜，如果讓你被動得學習環境工程，你一點興趣也沒有甚至有些排斥，那也不會有好的結果，我就有同學大學的時候本身對本專業不感興趣，大一的時候還好大二的時候掛了好多科目，大三轉了別的專業，學習一直處於新專業的前列，也考上了研究生，發表了好幾篇論文，目前已經在國外讀博士，所以如果感興趣就會多花時間去鑽研，就會取得好的結果！

祝你好運！